Los primeros que ejercieron la medicina en esta Guadalajara fueron los frailes, que aparte de curar las almas, curaban el cuerpo; era muy común que en la portería del convento de San Francisco se les enseñara a los indios, se les diera comida a la gente pobre, limosna a los necesitados, consuelo a los deprimidos y medicina a los dolientes. Es muy probable que estos mismos frailes fueran los encargados de atender el hospital de la Santa Vera Cruz (hoy templo de San Juan de Dios) y a los vecinos de la ciudad; se sabe, según las crónicas, que un médico vino con la expedición de Nuño de Guzmán, su nombre no se da a conocer, pero lo que sí es cierto, es que fue el primero que ejerció la medicina española en estas tierras.
En el Informe del Cabildo Eclesiástico de 1570, nos cuenta de otro médico: "Y nos dan los dichos cargos y hacen las dichas mercedes a quien a ellos (los oidores) se les antoja; como es a un médico que les cura sus casas, le dan un corregimiento, el mejor que hay en el reino" De 1582 a 1583 fue médico y barbero del Cabildo Eclesiástico, Gonzalo de Valenzuela.

Para 1584, el renombrado médico y escritor Juan de Cárdenas ya ejercía en el hospital de la ciudad, este galeno nos legó su "Primera parte de los problemas y secretos maravillosos de las Indias", que "no es propiamente un tratado de medicina, sino una recopilación de cuestiones científicas". En 1588, el señor Cárdenas se fue a radicar a México y se puso en su lugar al cirujano y boticario Francisco de Espinosa, el cual duró hasta el 3 de abril de 1590, año en que fue sustituido por el doctor Enrique Tabares; a quien se le designó un sueldo de doscientos pesos oro común y se le daba para su vivienda una parte del mismo hospital (de San Miguel) y se le facultaba para hacer venir de México las medicinas". No cabe duda que Enrique Tabares dejó buen nombre y fama, pues el padre Antonio Tello nos informa que fue un "excelente médico que hubo en aquel reino"; Arturo Chávez Hayhoe refiriéndose a este médico nos dice que al tiempo y "después de dar limosnas, casado muchas doncellas huérfanos y pobres, haber dotado monjas y asistido enfermos insolventes, renunció a su profesión para recogerse en una celda del convento de San Francisco, "que los prelados le dieron, por ser hombre virtuoso, espiritual y muy devoto".

Fray Francisco Tavares, religioso legó del convento de San Francisco de esta ciudad, fue hijo del doctor Enrique, este fraile fue enfermero mayor; médico, boticario, cirujano y barbero; la botica siempre la tuvo muy aseada y fue la mejor que existió en ese tiempo en la ciudad, "fue un religioso a quien debió mucho toda la ciudad de Guadalajara... Su muerte se le ocasionó de ejercitar la caridad, porque habiendo salido a la ciudad a visitar a dos personas nobles, honradas y pobres que estaban enfermas de tabardillo, se le pegó este mal y murió de él". A principios de siglo XVII regresó a Guadalajara el doctor Juan de Cárdenas, pues él atendió en su enfermedad al Presidente de la Audiencia, Santiago de Vera, quien murió en 1606; en viejos papeles de la época, nos encontramos a una partera: "... y los dichos treinta pies, en cuadra, se han de contar desde la casa de jacal que está edificado donde al presente vive la partera...". Era costumbre que los médicos visitaran a sus enfermos en mula.

También en ese tiempo estaban al servicio de la gente los hechiceros, magos, brujos y "saludadores"; estos últimos eran hombres que imaginaban curar enfermedades a fuerza de bendiciones, santiguaciones y soplidos. Su especialidad era curar la rabia, aunque también curaban otras enfermedades, tanto en humanos como en animales; la veterinaria existía pero "el oficio sólo era desempeñado por gente baja y plebeya que nunca se vio a persona ilustre o caballero que lo ejercitara". Estos "saludadores", eran muy hábiles, mañosos y embusteros, traían engañados, seducidos y desorientados a obispos, teólogos, médicos y aún al Santo Tribunal de la Inquisición; practicaban su oficio en las plazas públicas. afuera de los templos, en las calles y también iban a las casas de quien los llamara. "Ahí signaban y persignaban al enfermo, recitaban oraciones que ellos sólo sabían y soplaban con la boca sobre ellos; y como los embusteros sostenían que a mayor fuerza del soplido correspondía más grande eficacia, y, como según ellos, el vino engrandecía la potencia del soplo empezaban sus curaciones engullendo copiosos tragos de vino".

Los saludadores, ensalmadores o santiguadores, no aceptaban paga alguna, pero sí la recibían como limosna, era tal esa "limosna" que en un sólo día de fiesta o domingo, podían vivir desahogadamente toda la semana. En muchos casos, este oficio fue hereditario, pues hubo casos en que el abuelo, padre e hijo lo ejercían simultáneamente. Tal como hoy, la gente se curaba de dos formas, una era por medio de médicos instruidos que manejaban la ciencia de esa época y la otra, el de las famosas recetas caseras que se trasmitían de padres a hijos. Mucho tiempo se abusó de la purga y la sangría, pues era utilizada casi para todo mal.

Las sangrías se hacían con lanceta abriendo la vena o por medio de sanguijuelas, los encargados de hacerlas eran los barberos; así que el médico ordenaba y el barbero procedía. Era muy común ver en las barberías "el criadero de animales que pululaban en grandes lebrillos de barro o en barricas de madera; debía renovar con frecuencia su existencia, pues "sanguijuelas" que ha chupado no vuelve a chupar, cuando menos en mucho tiempo". Con estos animalitos se lograba extraer una regular cantidad de sangre, pues eran utilizadas de 10 a 12 sanguijuelas en cada sangría; también eran usadas en sangrías locales, por ejemplo se introducían en la garganta para descongestionar las anginas inflamadas. Muchas de las sangrías y las purgas, no dieron el resultado esperado, pues el padre Tello nos cuenta lo que le pasó a Gines Vázquez del Mercado, conquistador, capitán y gobernador de la Nueva Galicia, quien enfermó de "unas seguidillas de sangre... le dieron una purga recia, con que luego al punto murió".