Gracias a las gestiones que hizo el obispo Antonio Alcalde y Barriga, obtuvo la autorización mediante una real cédula de Carlos IV, para fundar en esta capital la Real y Literaria Universidad de Guadalajara, allá por 1791. Hay que hacer notar que ya en 1700, en tiempos del obispo Fray Felipe Galindo y Chávez, le había solicitado a España la autorización para abrir una máxima casa de estudios para la Nueva Galicia. En el tiempo que se abrió la Universidad, el sistema colonial principiaba a desmoronarse, llegó la Independencia y en los años siguientes hubo varias luchas internas en el país que se reflejaron en esta cuidad.

Así que durante el siglo XIX, la Universidad se ve envuelta en un clima de confusión, tuvo clausuras y reaperturas sucesivas motivadas por intereses particulares, grupos políticos, ideologías o por tendencias centralistas, situación que se extendió desde1826 a 1860.

En pleno auge revolucionario, el general Manuel M. Diéguez, ordenó en 1914, la construcción de dos escuelas primarias, una enfrente de la otra, en el poniente de la ciudad, donde estaban los límites de las nuevas colonias residenciales Reforma y Americana.Edificios que deberían estar orientados de poniente a oriente sobre la actual avenida Enrique Díaz de León; el del sur se llamó Reforma y el del norte Constitución.

El proyecto original de estos dos inmuebles fue del Ing. Alfredo Navarro Branca, después fue remodelado por el Ing. Aurelio Aceves; colocó la primera piedra el joven Enrique Díaz de León, el 16 de septiembre de 1914. Al año siguiente se terminaron ambos edificios, y en el informe de gobierno se dijo: "Se trata de dos edificios estilo Renacimiento, uno al lado del otro con la avenida Vallarta de por medio que tienen una superficie de 4,600 metros cuadrados cada uno, entre construcción y jardines". "Cada edificio constará de los siguientes departamentos: dirección, administración, sala de juntas, biblioteca, casa-habitación del director, 10 salones amplios con capacidad para 400 alumnos, auditorio, dos crujias, corredores y jardines acotados con una reja de fierro alrededor del edificio". Estos edificios se hicieron con la finalidad de destinarlos a escuelas primarias, por lo que en algún tiempo se les conoció por la gente tapatía como "Las Escuelas de Diéguez", que poco duraron funcionando dichos planteles.

En un informe dado por el gobernador del estado, Silvano Barba González, en 1927, dijo que el edificio de la escuela llamado Constitución (que albergó a la Escuela de Música), ya estaba terminado, pero la Escuela Reforma (actual rectoría) aún no. Recordemos que por causa de la muerte de Venustiano Carranza, se suspendieron todas las obras públicas. El 12 de octubre de 1925, se reunieron en el local que ocupaba el Supremo Tribunal de Justicia (Escuela Constitución), el Gobernador J. Gpe. Zuno, varios intelectuales, representantes de la banca y el comercio, para la reapertura de la Universidad. En 1926, se pensó que el edificio Reforma fuera utilizado como Palacio Legislativo, cosa que no sucedió. Pasó el tiempo, en 1934 el gobernado de Jalisco, Sebastián Allende, ofreció ceder el edificio Reforma a la Universidad de Guadalajara, para que estableciera ahí la Rectoría y otras dependencias; al término de la gestión de Allende, informa que en dicho edificio se hicieron obras para albergar a la Facultad de Ingeniería y Ciencias Químicas.

Después de varios problemas, el gobernador Everardo Topete decidió reabrir la Universidad en 1937, dirigida por el Lic. Constancio Hernández Alvirde; en 1938 se cedieron a la Universidad los dos edificios, uno de ellos se utilizó para las oficinas de la Rectoría y el otro para la Escuela de Música, en 1939, el señor Everardo Topete, en su informe cuenta que el edificio que hoy ocupa la Rectoría, se encontraban las instalaciones de las Facultades de Ciencias Físico-Matemáticas, Derecho, Economía y Odontología; Departamentos de Educación Física y Acción Social, Educación Obrera, las oficinas del FESO y las oficinas administrativas, de servicios escolares y las de rectoría.

Con la construcción del Instituto Tecnológico en 1952, varias de las dependencias antes dichas se cambiaron al Instituto, quedando únicamente las oficinas administrativas de servicios escolares y las de rectoría; fungía como rector en ese tiempo el ingeniero Jorge Matute Remus. El edificio llamado Constitución, que fue una primaria, Supremo Tribunal de Justicia, Escuela de Filosofía y Letras, Escuela de Música y Trabajo Social, amaneció el 12 de diciembre de 1980, convertido en un solar y con mucho escombro; eran los tiempos del rector Enrique Zambrano Villa. En ese terreno se construyó en 1982 la torre "cultural y administrativa" de la Universidad de Guadalajara.

Tiene 12 pisos y muchas oficinas, algunas que originalmente se encontraban en el edificio de la rectoría. En la actual rectoría se encuentra un mural pintado por José Clemente Orozco en la cúpula del Paraninfo "Enrique Díaz de León", el señor Francisco Ayón Zester nos explica sobre este mural: "El tema central de la cúpula del Paraninfo de la Universidad de Guadalajara, es el hombre. Puede distinguirse el hombre pentafásico, ese que piensa, que interroga, que mira esperanzador el futuro, que indaga y que reflexiona. A su lado, el joven maestro, que seguro de su filosofía, enseña, y enfrente, el trabajador esforzado en su quehacer y firme en sus convicciones. "En la cuarta disposición de masas, el único torso que sucumbe, es el del hombre fracasado por sí mismo, ahorcado por sus limitaciones, a las que no supo vencer."
El muro, arriba del escenario, muestra el famoso mural El pueblo y los líderes, donde en medio de un infierno, demostración excelsa del manejo del fuego crozquiano, el pueblo, larga cadena espectral, sigue a sus dirigentes, ante la mirada asombrada de los intelectuales, para ir a enfrentar al militarismo, a la fuerza y a la falsa ciencia". Si nos situamos frente a la entrada principal de la rectoría, del lado derecho está una estatua de cuerpo entero del Lic. José Guadalupe Zuno, quien fue político, maestro, pintor, pensador, humanista y fundador de la UdeG, estatua firmada por el escultor Juan José Méndez.
Del lado izquierdo se encuentra otra escultura de cuerpo entero de Enrique Díaz de León, sobre un pedestal de cantera, quien fue el primer rector de la UdeG. Estatua también obra de Juan J. Méndez. Desde 1994, en este edificio, abrió sus puertas el Museo de las Artes.