Cien años después de la aparición en el Tepeyac, se presenta en esta ciudad el culto a la Virgen de Guadalupe ; el historiador Alberto Santoscoy nos dice que : "Los capitulares de Guadalajara disputándose el honor de establecerlo sólidamente (el culto) en su catedral, fundando aniversarios, maitines y misas que dijeran al siguiente día de la fiesta de la Aparición de la Santa Imagen, y erigiéndole un altar en el mismo templo.Los jesuitas, en su escuela de primeras letras, enseñando a los niños a tener por tutelar suya a Nuestra Señora de Guadalupe, que en estampa señoreaba el aula". Se le quería dedicar una ermita y una "devota viuda" donó casas de su propiedad, en las cuales se edificó dicha ermita ; también la capilla del Palacio Episcopal fue dedicada a la Guadalupana.

Siguió creciendo enormemente en culto a la Virgen Morena en la ciudad, ya que encontramos que en el siglo XVIII el obispo Fray Manuel de Mimbela, le construyó un nuevo altar en la catedral ; el señor Mimbela mandó que al morir, sepultaran sus entrañas a un lado de este altar, "y dotando una lámpara que perennemente ardiera allí ; de que una dama señalara renta para mantener en el templo de San Francisco otra lámpara delante de la imagen de la propia virgen".

La primera iglesia Guadalupana que hubo en la ciudad fue la capilla anexa al templo de San Sebastián de Analco, la primera piedra la coloco Fray Felipe Hernández del convento de San Francisco, en 1721 ; la Capilla de la Virgen de Guadalupe es la más antigua de las dos que se edificaron en este templo ; esta capilla comunicaba al antiguo seminario por medio de una puerta cuya portada se encuentra actualmente en el lado izquierdo del altar, que esta construido de mármol. En el muro del fondo dos pilastras sostienen un arco de medio punto y bajo el arco, un marco que encuadra la imagen Guadalupana coronada por dos querubines.

El 26 de febrero de 1738, la Villa de Aguascalientes presentó un juramento de reconocer a la Virgen de Guadalupe como patrona de esta Villa, el 15 de febrero de 1740 en la población de Lagos (Aguascalientes) hicieron el mismo juramento, el 11 de diciembre de 1746, se da la Jura del Patronato de Nuestra Señora de Guadalupe por el Comercio de Guadalajara.

En 1754 el Papa Benedicto XIV declaró el Patronato Nacional de Nuestra Señora de Guadalupe. Sobre este Jura del Patronato en Guadalajara, encontramos que el 29 de septiembre de 1746, los mercaderes de la ciudad presentaron a la Diputación del Comercio una petición donde querían : "Solicitar la protección de dicha Señora, celebrando la anual fiesta en el día de su gloriosa Aparición en Guadalupe... postulando la forma en que se ha de celebrar dicha Aparición, distribución de sus costos, iglesia en que se ha de perpetuar la fiesta y forma en que se ha de asistir el Comercio en ella...". esta solicitud contiene 55 firmas de comerciantesYa aprobada dicha solicitud, el domingo 11 de diciembre de 1746, a las cinco de la tarde, salió una procesión de la catedral rumbo al templo de la Tercera Orden (frente al templo de Aranzazú ya desaparecido), donde se efectuó la Jura del Patronato con toda la Solemnidad.

.Al paso del tiempo, los tumultos políticos y las guerras, hicieron que esta jura prácticamente se olvidara. Gracias a que unos historiadores encontraron en los archivos estos testimonios referentes a la Jura del Patronato, animaron a que se renovara nuevamente, así que cerca de quinientos comerciantes le pidieron al arzobispo Pedro Loza y Pardavé que la autorizara ; cosa que hizo de buena gana. Así que le mandaron al Papa León XIII un mensaje avisándole de la nueva consagración del comercio tapatío a la Virgen Nacional, llegando de Roma una contestación firmada por el Cardenal Rampolia : "El Santo Padre amorosamente ha concedido la bendición que habéis solicitado". Después de muchos preparativos, el 24 de abril de 1898 se dio la Renovación de la Jura, se hizo una peregrinación de catedral rumbo al Santuario de Guadalupe donde se dio la Jura. "La Compañía de Luz Eléctrica y Fuerza Motriz" iluminó completamente la fachada de Catedral junto con sus dos torres, así que al llegar la noche, Guadalajara presenció un espectáculo nunca visto ; la compañía de luz eléctrica hizo esto "en demostración del contento producido por el placentero acto que el Comercio había ejecutado con tanta felicidad".

El Santuario de Guadalupe también "se iluminó profusamente con lámparas, farolitos venecianos y mecheros, las luces de las cuales centellaban al ser columpiadas por el viento como las espadas de los querubines". Alberto Santoscoy nos cuenta que fue tanto el asombro y agrado de la iluminación de catedral, que "originó las más vivas suplicas para conseguir que se repitiera en la noche inmediata", así que al siguiente día en la noche, la catedral volvió a brillar. En todos los templos católicos está el culto a la Virgen Morena, pero de la imagen más famosa, esta la que se encuentra en el Santuario de Nuestra Señora de Guadalupe, obra del pinto José de Alcibar, imagen tocada el 23 de octubre de 1779, es decir, colocada frente a la original del Tepeyac y de esta forma quedo consagrada (la que vemos actualmente es la original). Este cuadro se lo regalo el señor Alcalde el abad de la Colegiata de Guadalupe de México.

Efemerides Guadalupanas en Guadalajara:

1721, primer capilla dedicada a la Virgen de Guadalupe.

21 de febrero de 1780, bendición del cementerio de Ntra. Sra. de Gpe. (N.S.G.)

7 de enero de 1777, se coloca la primera piedra del Santuario de Gpe.

7 de enero de 1781, bendición del Santuario.

5 de septiembre de 1782, erección del mismo templo en iglesia parroquial.

23 de abril de 1783, apertura de la Escuela de N.S.G. 23 de agosto de 1784, el Beaterío de Santa Clara cambia de nombre a Congregación de Madres de Caridad y Enseñanza de la Visitación de N.S.G. 22 de diciembre de 1784, se transfirió a este día en la parroquia del Santuario la fiesta de Aparición, poniéndose por vez primera en las calles del barrio, cortinas y adornos.

El 12 de diciembre de 1806, se lee la "Oración panegírica de N.S.G. en el Santuario.

12 de agosto de 1820, se bendijo el altar, nuevamente decorado, de N.S.G. en la iglesia de San Agustín.

12 de diciembre de 1831, celebraciones de los 300 años de la Aparición de la Virgen en todos los templos.

Diciembre de 1838, por orden del arzobispo Aranda se celebran en todas las iglesias de la ciudad, por turno, diariamente y respectivamente, tres novenarios a N.S.G.

17 de abril de 1847, se celebra en todas las parroquias e iglesias de la diócesis un triduo a N.S.G. para que no se pierdan la Independencia y la religión, con motivo de la guerra con los norteamericanos.

12 de marzo de 1876, inauguración del Colegio Guadalupano para niñas.

24 de junio de 1888, apertura de la "Enfermería Guadalupana", el 12 de octubre de 1895, se coronó en el templo de San José la imagen de N.S.G., así que como en el templo de Santa María de Gracia se coronó otra imagen de dicha virgen ; etc.